液相色譜儀的系統由儲液器、泵、進樣器、色譜柱、檢測器、記錄儀等幾部分組成。儲液器中的流動相被高壓泵打入系統，樣品溶液經進樣器進入流動相，被流動相載入色譜柱(固定相)內，由于樣品溶液中的各組分在兩相中具有不同的分配系數，在兩相中做相對運動時，經過反復多次的吸附-解吸的分配過程，各組分在移動速度上產生較大的差別，被分離成單個組分依次從柱內流出，通過檢測器時，樣品濃度被轉換成電信號傳送到記錄儀，數據以圖譜形式打印出來。
液相色譜儀的使用要求：
1、氣泡會致使壓力不穩，重現性差，所以在使用過程中要盡量避免產生氣泡。
2、如果進液管內不進液體時，要使用注射器吸液：通常在輸液前要進行流動相的清洗。
3、使用緩沖溶液時，做完樣品后應立即用去離子水沖洗管路及柱子一小時，然后用甲醇(或甲醇水溶液)沖洗40分鐘以上，以充分洗去離子。對于柱塞桿外部，做完樣品后也必須用去離子水沖洗20mL以上。
4、長時間不用儀器，應該將柱子取下用堵頭封好保存，注意不能用純水保存柱子，而應該用有機相(如，甲醇等)，因為，純水易長霉。
5、要注意柱子的pH值范圍，不得注射強酸強堿的樣品，特別是堿性樣品。
6、更換流動相時應該先將吸濾頭部分放入燒杯中邊振動邊靖洗，然后插入新的流動相中。更換無互溶性的流動相時要用異丙醇過渡一下。
7、流動相必須用HPLC級的試劑，使用前過濾除去其中的顆粒性雜質和其他物質(使用0.45μm或更細的膜過濾)。
8、流動相過濾后要用超聲波脫氣，脫氣后應該恢復到室溫后使用。
9、不能用純乙腈作為流動相，這樣會使單向閥粘住而導致泵不進液。
10、每次做完樣品后應該用溶解樣品的溶劑清洗進樣器。
11、C18柱絕對不能進蛋白樣品，血樣、生物樣品。
12、堵塞導致壓力太大，按預柱→混合器中的過濾器→管路過濾器→單向閥檢查并清洗，清洗方法：
（1）以異丙醇作溶劑沖洗；
（2）放在異丙醇中間用超聲波清洗；
（3）用10％稀硝酸清洗。
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